L’Assemblée générale est composée de l’ensemble des membres entreprises adhérentes et se réunit une fois par an.

L’Assemblée générale :
— Délibère sur les orientations politiques de la fédération
— vote les rapports d’activité, moral, financier et le budget de l’exercice suivant
— procède à l’élection du Président et pourvoit, s’il y a lieu, au renouvellement des élus du Conseil fédéral et du Conseil de surveillance et de régulation
— vote le montant et la répartition de la cotisation fédérale
— est seule compétente pour modifier les statuts et prononcer la dissolution

Le Conseil fédéral est composé, du président élu à l’assemblée générale, de personnes physiques, dirigeants opérationnels des membres entreprises, et d’un représentant de chaque membre région.

Les personnes physiques des membres entreprises siégeant au Conseil fédéral sont élues par l’Assemblée générale. Les représentants des membres régions siégeant au Conseil fédéral, sont désignés par chaque fédération régionale. Ce conseil : 

– Propose et élabore les orientations politiques de la fédération
-Décide de la stratégie, dans le cadre des orientations politiques adoptées en Assemblée générale
– Détermine les missions socles à mettre en œuvre
– Elabore et vote le règlement intérieur
– Valide les adhésions des membres régions

Élu pour trois ans parmi les membres du Conseil fédéral, le Bureau fédéral met en oeuvre la politique décidée par le Conseil fédéral, et crée des commissions et groupes de travail nationaux.

Les membres du Bureau Fédéral :
– Luc DE GARDELLE, président (PRESTA’TERRE)
– Ludovic BLOT (ENVIE 35, ENVIE TRANSPORT BRETAGNE )
– Christophe BONNOT (BHB INCUSION, BEB, BEL)
– Céline COURTOIS (INEO)
– Anne-Sophie DE BOULOIS (ZAZIE HOTEL)
– Dany DUNAT (TPL TRISELEC)
– Matthieu GROSSET (Groupe COOPERATIF DEMAIN)  
– Nadia LANDRY (PIERRE EN PAYSAGE)  
– Philippe LEROUVILLOIS (Groupe VALÔ)     
– Fabrice PREAULT (Groupe SOLTISS) 
– Fabrice PREAULT (Groupe SOLTISS)
– Didier ROQUES (INSERT SOLUTIONS EI)
– Mamadou TOURE (SELF INTERIM)

Le Conseil de surveillance et de régulation (CSR) veille au respects des statuts et à la conformité des décisions prises par les instances, celui-ci peut notamment :

– Émettre un avis sur les rapports de la fédération 
– Émettre un avis sur toute proposition ou modification de la Charte des entreprises d’insertion, des statuts ou du règlement intérieur
– Être amené à auditionner ou entendre toute personne qu’il estime nécessaire pour éclairer ses décisions et avis.